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Le vaisseau de Clark, qui s'est envolé de la cave des Kent, semble être attiré par la tornade. Il se retrouve pris à l'intérieur mais la pièce qui a déclenché son envol se détache et la navette retombe. Clark, au coeur de la tornade, a réussi à s'agripper à la voiture de Lana. Il réussit à monter dedans, et tandis que la voiture se désagrège petit à petit, Clark protège Lana à son insu. Pendant ce temps, Lex décide finalement d'aider son père, qui se retrouve grièvement blessé.

De son côte, Jonathan, qui a rattrapé Nixon dans la forêt, essaie de lui reprendre son enregistrement vidéo qui prouve que Clark possède des super-pouvoirs. Alors qu'ils se battent, Jonathan voit une maison arrachée par la tornade qui va s'abattre sur eux. Il pousse Nixon dans une crypte et se retrouvent tous les 2 coincés par la maison qui s'est écrasée sur l'ouverture.

Clark qui a réussi a sauvé Lana, l'emmène à l'hôpital puis se rend à la ferme où il trouve Martha qui lui explique tout ce qui s'est passé avec Nixon. Après s'être aperçu de la disparition de son vaisseau, Clark part à la recherche de son père.

A l'hôpital, un docteur explique à Lex que son père est blessé aux jambes et qu'il présente un traumatisme du nerf optique. Puis Lionel murmure à son fils qu'il a lu dans ses yeux combien sa mort le libérerait.

Chloe retrouve Lana en train de quitter l'hôpital qui lui explique son aventure et lui avoue être très troublée par son sauvetage. Le soir, Lex passe à la ferme et trouve Clark en train de rechercher son père dans toute la ferme. Lex raconte à Clark ce qui s'est passé avec son père et lui avoue qu'il a des remords d'avoir hésité avant de le sauver. Puis ils partent ensemble fouiller la forêt.

Coincés dans la crypte, Jonathan et Nixon se disputent à propos de Clark. Ils sont interrompus par le portable de Nixon. C'est Lex qui a réussi à le joindre, mais Jonathan lui arrache le téléphone et le détruit afin que Nixon ne raconte rien à Lex. A l'extérieur, Clark comprend que Lex parlait à Nixon et se rend compte que son ami lui a menti car Lex lui avait dit ne pas connaître le journaliste. Il se met à douter des réelles intentions de Lex et lui demande de partir.

Le lendemain, au Talon, Lana interroge Clark sur son sauvetage mais celui-ci lui explique qu'il l'a simplement trouvé évanoui au bord de la route. Mais Lana a des doutes car elle a l'impression que Clark était près d'elle dans la tornade.

Dans la crypte, Jonathan propose à Nixon qu'en échange de son enregistrement il lui indique un moyen de sortir. Nixon finit par accepter et Jonathan lui montre un endroit plus friable où ils peuvent creuser plus facilement pour s'évader.

Lex passe à la ferme pour s'excuser auprès de Clark et lui avoue qu'il connaissait bien Nixon mais qu'il a tout fait pour l'empêcher d'enquêter sur sa famille. Puis il lui fournit une carte des environs et repartent, avec l'aide de Pete et de Chloe, à la recherche de Jonathan et Nixon. Chloe découvre la maison qui bouche la crypte secrète mais Clark ne voit rien avec sa vision rayon X car du plomb l'en empêche. Jonathan et Nixon, qui ont entendu les appels venant de l'extérieur, redoublent d'effort pour sortir mais un éboulement se produit qui bloque complètement l'arrivée d'air.

Dehors, Chloe propose à Clark qu'ils devraient peut-être rester simplement amis. Clark est d'accord et lui dit qu'il préfère privilégier leur amitié. Mais peu après, Chloe avoue à Pete qu'elle regrette ce qu'elle a dit à Clark car elle est en fait toujours amoureuse de lui.

Lex, qui est retourné à l'hôpital, accepte que les docteurs pratiquent une opération risquée qui peut sauver les yeux de son père.

Entretemps, à la ferme, Clark, Pete et Martha, découvrent d'après des relevés topographiques qu'une crypte existe dans la forêt. Clark pense qu'elle se trouve sous la maison qu'ils ont découvert dans la forêt et décide de s'y rendre pendant que Martha et Pete partent chercher les secours.

Sur place, il soulève la maison et découvre l'entrée de la crypte. A l'intérieur, il trouve son père coincé par l'éboulement. Mais alors qu'il va pour l'aider, la présence de météorites dans la crypte l'affaiblit et il tombe à terre. Jonathan explique à Nixon qu'il faut éloigner Clark des météorites car elles sont dangereuses pour lui. Mais Nixon prend un morceau de météorite qu'il met dans la poche de la veste de Clark et dit à Jonathan que maintenant il a une preuve vivante. Puis il sort Clark affaibli de la crypte.

Mais Jonathan réussit à se dégager et à sortir de la crypte, puis il se précipite sur Nixon. Ils se battent et alors que Nixon a le dessus et qu'il s'apprète à le tuer, il est abattu par Lex.

Après l'arrivée des secours, Jonathan remercie Lex de l'avoir sauvé et accepte de lui serrer la main. Au lycée, Chloe, les yeux plein de larmes, est sur le point d'effacer toutes les photos d'elle et de Clark prises pendant le bal. Mais au dernier moment elle se ravise. A la ferme, Clark annonce à son père qu'en essayant de sauver Lana, il a eu l'impression qu'il volait.

A l'hôpital, Lionel remercie Lex de l'avoir sauvé. Puis il lui annonce que ses jambes sont intactes mais que l'opération sur ses yeux a échoué et qu'il a perdu la vue pour toujours. Il ajoute qu'il aurait préféré mourir plutôt que d'être sauvé et se retrouver dans cet état.

Lana passe à la ferme pour discuter avec Clark. Elle lui dit que depuis la tornade, elle s'est rendue compte qu'il était toujours là pour la protéger quand quelque chose lui arrivait. Elle lui fait comprendre qu'elle sent qu'il lui cache quelque chose mais Clark lui assure qu'il n'a pas de secrets. Lana ne le croit pas et lui déclare qu'il ne pourra pas éternellement se cacher...

Le dernier plan nous montre le vaisseau de Clark au milieu d'un champ de maïs...