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Lors d'un rêve, Clark se voit en train de voler dans la grotte et enclencher la clé du vaisseau dans une des parois d'où une lumière jaillit brusquement. Puis il se retrouve en pleine nuit au milieu de la route et manque de se faire écraser par Lex, plutôt surpris de le trouver là.

De retour à la ferme, Clark avoue à ses parents que depuis quelques temps, il fait ce même rêve autour de la grotte et qu'il sent qu'on l'appelle. Jonathan, inquiet, lui demande de ne rien faire mais Clark veut absolument en savoir plus sur ses origines.

Lex convoque le Pr Walden et lui donne 3 jours pour réussir à déchiffrer les symboles de la grotte car il craint qu'on lui en retire l'exploitaion.

Au lycée, les élèves doivent constituer leur arbre généalogique. Alors qu'il discute du projet avec Lana et Chloe, Clark entend subitement un bruit perçant. Il les laisse et se rend dans la grange de ses parents. Le son provient de la clé du vaisseau de Clark qui semble l'appeler. Clark décide alors de se rendre avec la clé dans la grotte. La clé se positionne d'elle-même dans la paroi et déclenche un faisceau lumineux qui traverse Clark et le fait léviter. Puis Clark s'évanouit.

Lex et Pr Walden découvrent Clark évanoui dans la grotte et lui demande ce qu'il s'est passé mais Clark lui fait croire qu'il s'est évanoui et se rend compte que la clé a disparu de la paroi.

Au lycée, Lana demande à Chloe si elle peut utiliser son ordinateur pour travailler sur son arbre généalogique. Chloe accepte et la laisse. Alors que Lana va commencer à travailler elle découvre un fichier que Chloe a fait sur elle et Clark et qui contient les photos de tous les 2 lors du bal de fin d'année. Chloe revient et se rend compte que Lana a fouillé dans son ordinateur. Elle est très vexée et Lana essaye de s'excuser. Chloe lui avoue qu'elle a révélé ses sentiments à Clark pendant qu'il était malade et que celui-ci ne pensait qu'à Lana (cf. ep. 2.16 - Agent toxique).

Plus tard, à la ferme, Clark entend de nouveau le son perçant et sans pouvoir se contrôler, sa vision thermique se déclenche et se met à dessiner un étrange symbole sur la grange. Chloe arrive à ce moment-là et ne peut s'empêcher de faire une photo pour son journal. Après son départ, Clark explique à ses parents que le symbole dessiné signifie espoir. Il leur avoue alors ce qu'il s'est passé dans la grotte et que depuis il réussit à comprendre les symboles de ce langage.

Au Talon, alors que Clark griffonne des symboles sur son arbre généalogique, Lana s'approche de lui et lui apprend qu'elle s'est fachée avc Chloe. Elle s'en veut d'avoir violé l'intimité de son amie alors qu'elle et son père l'ont accueilli dans leur famille. Lana remarque les étranges symboles que Clark a dessiné mais celui-ci froisse la feuille et la jette à la poubelle. Mais il ne remarque pas qu'il a raté sa cible et la feuille tombe par terre. Lex qui arrive à ce moment-là essaie de parler à Clark qui se défile. Il remarque alors la feuille de papier jetée par Clark et la montre au Pr Walden. Il lui demande alors de travailler avec Clark car Lex pense qu'il peut l'aider à traduire les symboles de la grotte.

Clark passe à la Torche car il en veut à Chloe d'avoir diffusé la photo dans son journal et lui demande en retour de pardonner à Lana. Ils remarquent alors que plusieurs e-mail venant d'un certain Dr Swann ont été adressés à Clark et qui contiennent la photo de Chloe avec ecrit en dessous "Espoir".

Clark, qui veut en savoir plus, répond par e-mail en demandant des explications. Swann lui répond alors en kryptonien qu'il est un ami et qu'il possède les réponses à ses questions.

Pendant ce temps dans la grotte, le Pr Walden découvre la clé du vaisseau de Clark incrustée dans une des parois. Il la retire et décide de l'enclencher dans le trou correspondant à la forme. Aussitôt un violent faisceau lumineux frappe le Pr qui se retrouve inconscient. Clark le découvre et récupère la clé.

À l'hôpital, le professeur est dans un état catatonique. Lex interroge Clark et lui demande si il sait déchiffrer les symboles de la grotte. Mais Clark se défile et se moque de Lex quand celui-ci lui dit qu'il croit que les symboles sont un langage extraterrestre. Un coursier arrive et livre un message à Clark venant du Dr Swann.

Clark se renseigne auprès de Chloe sur Swann. Elle lui apprend que c'était un célèbre physicien qui possèdait la plus grosse compagnie de satellites au monde qu'il décida de vendre. Depuis il consacrerait son argent à essayer de découvrir des signes de vie intelligentes dans l'univers.

À l'hôpital, le docteur apprend à Lex qu'il y a peu de chances que le Pr Walden sorte de son coma compte tenu du traumatisme qu'il a subi.

Chez Chloe, alors que Lana se prépare à quitter la maison, Chloe lui dit qu'elle lui pardonne et lui montre qu'elle l'a mise sur son arbre généalogique en tant que soeur.

À la ferme, Clark apprend à ses parents qu'il a décidé de se rendre à New York pour rencontrer le Dr Swann. Jonathan et Martha sont inquiets mais Clark leur fait comprendre qu'il veut absolument savoir d'où il vient.

Clark rencontre enfin le Dr Swann. Celui-ci lui montre un message qu'il a capté il y a 13 ans et qu'il a réussi à décrypter. Il indique qu'un enfant du nom de Kal-El, de la planète Krypton, a été envoyé sur Terre pour le protéger du mal. Grâce à la photo de Chloe dans le journal il a découvert l'existence de Clark et pense qu'il est Kal-El. D'abord hésitant, Clark comprend qu'il est Kal-El. Swann lui apprend alors que sa planète a disparu et qu'il est le seul rescapé...

De retour à la ferme, Clark se rend dans la cave où se trouve le vaisseau. Jonathan le rejoint et Clark lui apprend que l'autre élément du vaisseau (vu dans le premier épisode) correspond au coeur du vaisseau. Clark l'enclenche et ils découvrent un nouveau message dans le vaisseau venant de son père biologique lui indiquant qu'il sera un dieu sur cette planète et qu'il gouvernera cette faible race...