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Trois mois plus tard. Sur un écran, on aperçoit Chloe. Elle explique à Clark que s'il voit cette vidéo, c'est qu'elle est sans doute morte. Elle le supplie de trouver le responsable. Le cadrage s'élargit, on se trouve à la Torche. Une jeune femme regarde attentivement cette vidéo.

On la retrouve plus tard sur une route en train de conduire tout en téléphonant. Elle demande à son interlocuteur où se trouve la ferme des Kent. Un éclair vient alors percuter sa voiture, elle perd le contrôle de son véhicule et s'écrase dans un champ de maïs. Un éclair aveuglant apparaît et une onde de choc propulse des débris de maïs sur son pare-brise. Secouée, elle sort du véhicule et découvre Clark, inconscient et nu comme un ver, dans le champ dévasté. Celui-ci se réveille sans dommage apparent mais il ne se souvient pas de son nom. Son visage est inexpressif et ses attitudes font penser à Kal-el. La jeune femme lui propose de l'emmener à l'hôpital. Clark lui demande alors son nom. Elle répond : « Lois. Lois Lane ».

Dans une pyramide, des ouvriers égyptiens découvrent dans un mur une statuette d'un dieu égyptien. En entendant leurs cris de joie, Lex arrive en courant. Il se saisit de l'objet et, en la dépoussiérant, découvre des signes kryptoniens à l'arrière. Un sourire se dessine sur ses lèvres.

Lois arrive à l'hôpital avec Clark. Pendant que Lois se présente à l'accueil, Clark vêtu d'une simple couverture, observe les objets qui l'entourent. Lois estime qu'elle ne peut rien faire de plus et veut partir mais l'infirmier l'en empêche pour des questions administratives. Clark caresse une statue d'ange, ce qui fait tomber sa couverture. Il est complètement nu devant toute l'assistance.

Paris. Lana prend en photo des enfants puis se promènent tranquillement dans une rue typiquement française. Des affiches montrent Lex comme le sauveur de la Luthercorp, elle n'y prête qu'une légère attention puis poursuit son chemin. Un jeune homme l'arrête et lui parle de sa petite amie. En fait, c'est un simple jeu d'amoureux puisque Lana connaît ce garçon. Il se nomme Jason. Ils s'embrassent tendrement.

A l'hôpital, Martha lit un livre à Jonathan qui est dans le coma. Un médecin entre dans la chambre et essaye de faire comprendre à Martha que Jonathan est cliniquement mort, qu'elle devrait se résoudre à l'inévitable. Martha ne veut rien entendre et retourne veiller son mari.

Dans une autre chambre, Clark sans émotion, vêtu d'un simple pyjama d'hôpital, veut partir. Lois tente de l'en empêcher en bloquant le passage mais il la soulève aisément et quitte la pièce. Lois se met à courir après lui. Au même moment, Martha qui se trouve dans le couloir, l'aperçoit et lui court également après. Lois l'arrête et Martha, folle de joie, les rattrape aussitôt. Cependant Clark ne reconnaît pas sa mère. Lois lui explique que Clark est amnésique. Sa mère veut le ramener à la maison mais Clark leur dit qu'il attend un signe. Martha, craignant qu'il n'en dise trop, réussi à se débarrasser de Lois et emmène rapidement Clark vers la sortie. Au même moment, Lois qui croise l'infirmier qui les a accueillis, apprend qu'il s'agit de Clark Kent. Elle tente de les rattraper mais Martha a été plus rapide.

Dans le désert, Lex se fait conduire à l'aéroport. Il semble affaibli et pressé. Grâce à de l'argent, il soudoie le responsable égyptien qui l'accompagne afin qu'il n'y ait aucune trace de sa venue. Il monte ensuite dans son jet privé, où un docteur l'attend et se dirige droit vers un cabinet médical aménagé dans l'avion. Le docteur est mécontent de son retard et lui rappelle que suite à son empoisonnement, il doit subir des dialyses toutes les 72h.

Martha monte avec Clark dans son loft et lui montre des objets familiers mais il ne reconnaît rien. A la vue de la photo de son père, il dit à Martha que c'est celui qui a tenté d'empêcher sa renaissance. Martha lui explique qu'il a simplement voulu le sauver. Mais Clark laisse tomber le cadre en disant que de toute façon, il est mort, puis il quitte la pièce laissant Martha désemparée.

Dans l'avion, Lex observe la statuette. Une turbulence lui fait lâcher prise et elle se brise en mille morceaux sur le sol. Il découvre alors un cristal avec un symbole et quand il s'en saisit une lumière aveuglante apparaît.

Au même moment, Clark quitte la grange et Martha tente de le rattraper. Un son strident l'assourdit l'obligeant à porter ses mains à ses oreilles. Quand il reprend ses esprits, ce n'est plus l'amnésique sans émotion qui est devant Martha mais le vrai Kal-El ne pensant qu'à sa destinée. Martha essaye désespérément de raisonner Clark mais il la repousse et prend son envol.

A Paris, Lana visite une église pour ses études d'art. Elle est en compagnie de Jason qui préfère roucouler au lieu de travailler. Finalement, Jason laisse Lana travailler pour aller lui préparer une surprise. Enfin seule, elle décalque les inscriptions d'une tombe appartenant à une princesse guerrière du nom de Margaret Isabelle Theroux. Intriguée par un symbole étrange, elle le touche et une vague de lumière la submerge.

Kal-El vole à grande vitesse dans le ciel.

A la ferme, Martha est au téléphone, elle demande à voir une personne au sujet de son fils mais Lois interrompt la conversation. Lois veut voir Clark mais Martha lui dit qu'il dort. Lois confie à Martha que si elle ne retrouve pas qui a tué Chloe, sa mort n'aura servit à rien car sans témoignage, Lionel sera libéré dans 2 semaines. Elle lui demande si elle sait comment entrer en contact avec Lionel. Martha lui conseille de ne pas s'approcher de lui, si elle ne veut pas rester tomber dans ses filets.

Pendant que Lex observe le cristal, les pilotes remarquent un point sur leur radar. C'est Clark qui arrive droit sur eux. Il arrache la porte de l'avion, ce qui crée une décompression de l'appareil. Dans la panique, Clark déterminé tend la main et le cristal traverse l'avion pour le rejoindre. Clark s'enfuit au moment où Lex regarde à travers le trou que le cristal a fait en traversant les parois.

Dans le loft Martha ramasse le cadre brisé de Jonathan lorsqu'une femme l'interrompt. C'est le docteur Swann qui l'envoie, elle s'appelle Bridgette Crosby. Très proche du docteur, elle connaît tous les secrets de Clark ce qui rend furieuse Martha. Mais Bridgette est venue en amie et lui apprend que le signe qui a brûlé dans son champ signifie croisade et pense que Kal-El a complètement accepté sa destinée Kryptonienne. Mais Martha croit que Clark est encore là et, pour l'aider, Bridgette lui confie de la Kryptonite noire, en lui disant que seul son amour pour Clark peut vaincre Jor-El. Martha semble terrifiée.

A la prison, Lex rend visite à Lionel pour savoir comment il a fait pour attaquer son avion en plein vol. Lionel nie toute implication mais Lex ne le croit pas. Il lui rappelle que s'il a financé des recherches scientifiques pour trouver trois cristaux, disséminés chez différents peuples et qui sont censé contenir un grand savoir, ce n'est pas pour rien. Lionel reste sur ses positions et Lex lui reproche d'avoir tué Chloe et d'avoir essayé de l'empoisonner.

Dans les grottes, Kal-El compose un code sur un des murs, la paroi bouge, et nous laisse découvrir une pièce secrète. Dans cette pièce très lumineuse, il y a un socle couvert d'inscription Kryptonienne. Kal y dépose en son centre le cristal. On comprend alors qu'il en manque deux.

Dans la chambre de Lana à Paris. Lana se réveille en sursaut car on frappe lourdement à sa porte. Elle est en transpiration et complètement comateuse. Le calque qu'elle a fait dans l'église est accroché dans sa chambre. C'est Jason qui tambourine à sa porte, inquiet de ne pas l'avoir revu. Lana ne se sent pas très bien et expédie Jason en lui fermant la porte au nez.

Kal-El sort de la chambre secrète et la paroi se referme. Il aperçoit Martha et lui dit qu'elle n'aurait pas dû venir. Martha sort alors la kryptonite noire et la tend vers son fils en lui disant qu'elle sait qu'il est encore là et qu'elle l'aime. Kal-El commence à se dédoubler dans une lueur bleutée. Une lutte acharnée entre Clark et Kal-El débute. Martha envoie la kryptonite à Clark alors qu'il est sur le point de perdre et transperce Kal-El avec. Une explosion se produit, envoyant Martha contre un mur.

Au même moment Jonathan se réveille en sursaut à l'hôpital devant une infirmière médusée.

Clark gît inconscient dans la caverne. Martha va le rejoindre. Se réveillant, il la rassure en lui disant que c'est lui et qui est de retour.

Dans la chambre d'hôpital. Jonathan et Martha s'embrassent passionnément. Clark les interrompt. Il questionne son père sur sa santé et Jonathan le rassure en lui disant qu'il est un miraculé. Puis Jonathan lui demande s'il se souvient de ce qui s'est passé durant ces trois mois. Clark ne s'en souvient plus et quand Jonathan lui demande si il sait voler, il lui répond que Kal-El sait voler, pas lui. Clark avoue ensuite qu'il est terrifié de ce qu'il est capable de faire. Les Kent se serrent tendrement dans les bras.

Lana prend une douche. Lorsqu'elle en sort, elle aperçoit un mystérieux tatouage dans le bas de son dos.

Lois rend visite à Lionel en prison. Elle lui dit qu'elle ne croit pas que Chloe soit morte accidentellement. Lionel lui dit qu'il n'est pas responsable de l'explosion mais elle ne le croit pas. Lois s'en va en lui montrant qu'elle ne laissera pas la mort de sa cousine impunie.

Lois se rend sur la tombe de Chloe et en pleurs lui promet qu'elle trouvera le responsable de sa mort même si elle est seule. Clark qui a assisté à la scène, lui dit qu'elle n'est pas seule. Il l'aidera à trouver la vérité et lui propose de venir chez lui. Elle accepte puis s'en va laissant Clark seul devant la tombe de son amie. Un terrible doute l'assaille. Il se met à passer la tombe aux rayons X et découvre que le cercueil et vide. Il rappelle alors Lois qui s'éloignait et, le regard rempli d'espoir, lui dit que Chloe est encore en vie.

Dans le premier épisode de cette 4e saison, Lois Lane arrive en ville pour enquêter la mort de sa cousine et découvre un Clark amnésique dans un champ de maïs après être sortie de la route pendant une tempête. Lois l'emmène à l'hôpital et rencontre Martha, occupée à veiller Jonathan sérieusement blessé. Egalement : Lana se trouve un nouvel amoureux à Paris, Clark se découvre un nouveau super-pouvoir et Lex a besoin d'un traitement sanguin pour le maintenir en vie.

Lois Lane débarque à Smallville, Clark s'envole et Margot Kidder est invitée vedette !
Clark revient à Smallville reprogrammé en Kal-El. Déterminé à remplir sa destinée, Kal-El prend son envol pour dérober un puissant cristal en kryptonite. Prête à tout pour sauver son fils, Martha se tourne vers un émissaire du Pr Swann, Bridgette Crosby (jouée par Margot Kidder), et apprend qu'il existe une nouvelle forme surprenante de kryptonite. Pendant ce temps, Lois Lane arrive en ville pour enquêter sur le meurtre de sa cousine Chloe. Tandis que Lana revient de Paris avec une nouvelle attitude et un nouveau petit-ami, Jonathan est dans le coma et Lionel doit faire face au monde impitoyable de la prison.